La Jolla Cove liegt innerhalb des San Diego-La Jolla Underwater Park Ecological Reserve, das 1970 als erstes Meeresschutzgebiet Kaliforniens eingerichtet wurde. Das Reservat umfasst 6.000 Morgen und verbietet jegliches Fischen und Sammeln, eine Regel, die die Bucht zu einer der dichtesten Konzentrationen von Meereslebewesen an der Westküste gemacht hat. Leopardenhaie kommen jeden Sommer an und versammeln sich in den flachen Sandflächen, wo die Wassertemperaturen auf über 21 Grad steigen. Garibaldi-Fische, Kaliforniens staatlicher Meeresfisch, patrouillieren in Schwärmen durch den Kelpwald und färben das Wasser orange. Seehunde ruhen sich an den Felsen am östlichen Rand der Bucht aus, und kalifornische Seelöwen folgen Schnorchlern mit dem, was Biologen als investigative Neugier bezeichnen. Die Unterwassertopografie verstärkt die Artenvielfalt. Sieben Meereshöhlen schneiden durch die Sandsteinklippen, geformt durch Wellenbewegungen über 10.000 Jahre hinweg. Die größte, Clam's Cave, erstreckt sich 200 Fuß landeinwärts und lässt bei Ebbe Kajaks zu. Kelp verankert sich im felsigen Substrat in Tiefen zwischen 15 und 40 Fuß und schafft eine vertikale Struktur, die Oktopussen, Felsenbarschen und juvenilen Hornhaien Schutz bietet. Die Sichtweite reicht je nach Planktonblüte und Wellenrichtung von 10 bis 30 Fuß, wobei der frühe Morgen die klarsten Bedingungen bietet, bevor die Nachmittagswinde die Oberfläche aufwühlen. Das Schnorcheln in der La Jolla Cove ist ganzjährig möglich, obwohl sich die Saison mit der Wassertemperatur verändert. Die Sommermonate bringen 20 bis 22 Grad warmes Wasser und die größte Ansammlung von Leopardenhaien. Im Winter fallen die Temperaturen auf etwa 13 Grad, was die Menschenmengen verringert, aber die Wahrscheinlichkeit erhöht, auf Stechrochen und gelegentlich Grauwale vor der Küste zu stoßen. Die No-Take-Richtlinie des Reservats, die nun im sechsten Jahrzehnt besteht, hat es Fischpopulationen ermöglicht, Größen zu erreichen, die in den befischten Gewässern Südkaliforniens selten zu sehen sind. Kaliko-Barsche wachsen hier auf über 15 Zoll heran, und der Schafskopf-Lippfisch zeigt eine Masse und Farbsättigung, die auf ein hohes Alter und einen stabilen Lebensraum hindeuten. Die Zugänglichkeit der Bucht – ein kurzer Schwumm vom Ufer aus, freier Eintritt, täglich von Sonnenaufgang bis Sonnenuntergang geöffnet – macht sie zu einem der seltenen Meeresschutzgebiete, in denen öffentlicher Zugang und ökologischer Schutz parallel funktionieren.